Niedługo i akademia krakowska zapomniała swojej klęski w tem opuszczeniu słuchaczy, albowiem pomnożona nowymi uczniami, miała już swoich nauczycieli rodaków; oświata tak szybko postąpiła, że za Zygmunta Augusta w Polsce stanęła na najwyższym punkcie. Polska rej wiodła w Europie, tak prawodawstwem swojem, jak naukami i siłą oręża. Ale wtedy gdy Zygmunt August chwiał się czyby uczynić publicznie wyznanie nowej wiary, a jest podobieństwo że już ją wyznawaj potajemnie, połączyły się usiłowania do stworzenia oddzielnego kościoła Polskiego niezawisłego od Rzymu, ani naśladującego nowości niemieckich. Pracowało nad tem wielu przysposabianiem umysłów do tak ważnego kroku. Ale jak wielkie były usiłowania z jednej, takie objawiły się i z drugiej strony. Sarkali prawowierni rzymskiemu kościołowi na to zbyt szybkie szerzenie się rozmaitych nowych wyznań w Polsce, pracowało duchowieństwo nad położeniem skutecznej tamy, nie było jednakże żadnych gwałtów z żadnej strony. Wypędzili prawda margrabiowie pińczowscy Dominikanów z pińczowskiego klasztoru, dając go Stankarowi opowiadaczowi nauki Kalwina, wszelako gwałtu nie użyli katolicy w odwecie, król katolik dawszy niby pomoc Dominikanom, z początku, przez szpary jednakże patrzał nadal jak margrabiowie dawali przytułek mistrzom różnym kalwińskiego obrządku.
Wtedyto pojawiają się i Socynianie w Polsce, Aryanami pospolicie zwani. Sekta ta, różna od wszystkich niemieckich, założona od Fausta Socyna, przyszedłszy do Polski, przekształca się zupełnie. Socynianie nazywają się sami Bracia Polscy i wiele łożą usiłowań na krzewienie się oświaty i wyraźnie dążą do porównania stanów. Spokojnie patrzono na wzrost ich pierwiastkowy;