Angielskie poselstwo zyskuje pozwolenie utrzymywania konsula dla poddanych angielskich handlujących, który zamieszka w Elblągu. Zdawało się że zgodne i porządne sejmowanie r. 1591 wróży stałą nadal spokojność. Zygmunt atoli działaniem swojem nową gotuje sobie burzę. Przy końcu już sejmu 1591 roku naradzał się z stanami o małżeństwie swojem, atoli stany znając domu austryackiego zabiegi, w celu posiadania coraz silniejszych wpływów w Polsce, a następnie i tronu, uporczywie domagały się od Zygmunta, aby w żadne z domem austryackim związki familijne nie wchodził, a ostateczne postanowienie o małżeństwie królewskiem, odłożono napozór do przyszłego sejmu.
Zygmunt tymczasem ruguje powoli senatorów innowierców, a osadza katolikami urzędy. Gdy na tron wstępował, trzech tylko świeckich senatorów było katolikami.
Dom austryacki, związany z kościołem rzymskim najściślej, wnet Zygmunta w swoje kabały wciąga i Zygmunt interesu swojego najsilniejszą widzi podporę w Austryi; tak pomimo woli narodu, zamierza w ścisłe z nią wejść powinowactwo. Wysyła do Wiednia poselstwo i o małżeństwo z Anną (Karola arcyksięcia i Maryi bawarskiej córką), wnuczką Ferdynanda 1 cesarza traktuje. Wysłany na ten cel biskup Radziwiłł, spiesznie mu arcyksiężniczkę sprowadza do Krakowa. Jan Zamojski zwołuje przyjaciół do Jędrzejowa i tam układa ścisłe granic obstawienie, tak, aby przejazdu austryaczce wzbronić. Pomimo to wszelka ostrożność oszukana, arcyksiężniczka do Krakowa zjeżdża i zaślubiona przez Zygmunta, koronuje się dnia 26 maja 1592 roku.