Dawał ślub Radziwiłł biskup krakowski, kardynalskim kapeluszem nagrodzony za swoję przychylność, staraniami cesarza i Zygmunta, a koronował Annę Rozrażewski biskup kujawski — Karnkowski prymas, do którego to należało, wymówił się słabością. Następował sejm zaraz po ślubie królewskim (r. 1592). Sejm ten nazwany: inkwizycyjnym. Sejm inkwizycyjny. Jan Zamojski stanąwszy na czele niechętnych Zygmuntowi, zapozwał króla do usprawiedliwienia przed stanami. Wszystkie winy zebrano na Zygmunta, tajemne z ojcem narady w Rewlu, konszachty z Austryą i tym podobne, pilnie żądając usprawiedliwienia się Zygmunta. Radziwiłł i Rozrażewski biskupowie bronili sprawy królewskiej. Trudne było Zygmunta położenie, atoli powagą rozsądną i dobrocią swoją tyle dokazał, że sejm, którego początek ogromną wróżył burzę skończony spokojnie, a Zygmunt dał piśmienne zapewnienie, że: "pomijając wszystko co było lub nie było, opuścić kraju nie myśli, lubo interesa powołują go do Szwecyi, przez posłanniki je ułatwi. Na przypadek śmierci Jana króla szwedzkiego, za pozwoleniem stanów do Szwecyi pojedzie. O następcy po sobie ani myśleć, ani kogo bądź na tron forytować będzie. "
Tegoż roku po sejmie niedługo umarł król Jan III, ojciec Zygmunta, z utęsknieniem wzywając przed śmiercią kochanego Zygmunta. Śmierć jego przypadła w listopadzie 1592 roku.
Złożył sejm król Zygmunt w maju 1593 r., aby sobie wyjednać pozwolenie odjazdu do Szwecyi, na objęcie szwedzkiego berła dziedzicznego, jakoż uzyskał rok czasu na ten cel, przyrzekłszy najsolenniej powrót.